Aufbau und Funktionsweise von DNA-Chips
DNA-Chips, auch als DNA Microarrays bekannt, sind hochkomplexe Analysewerkzeuge in der Molekularbiologie. Sie ermöglichen es, eine Vielzahl von genetischen Informationen auf engstem Raum zu speichern und zu analysieren. Die Oberfläche eines DNA-Chips ist in zahlreiche Felder unterteilt, wobei jedes Feld mit vielen einzelsträngigen DNA-Molekülen identischer Basensequenz bestückt ist.
Definition: DNA-Chips sind miniaturisierte Laborplattformen, auf denen tausende von DNA-Sequenzen gleichzeitig analysiert werden können.
Diese DNA-Moleküle fungieren als Sonden, die spezifisch komplementäre DNA-Abschnitte aufspüren können. Dies macht DNA-Chips zu einem leistungsfähigen Instrument für verschiedene genetische Analysen, insbesondere für die Mutationsanalyse und die Untersuchung der differenziellen Genaktivität.
Highlight: Die Wichtigsten Anwendungsbereiche von DNA-Chips umfassen die Genexpressionsanalyse, die Identifizierung von Genmutationen und die Untersuchung von Genpolymorphismen.
Für die Mutationsanalyse wird zunächst DNA aus einer Probe isoliert und relevante Abschnitte mittels PCR Polymerase−Kettenreaktion vervielfältigt. Dabei werden fluoreszenzmarkierte Nukleotide eingesetzt, um die DNA-Abschnitte sichtbar zu machen. Die PCR-Produkte werden dann erhitzt, um sie in Einzelstränge zu zerlegen, und auf den DNA-Chip aufgetragen.
Vocabulary: PCR Polymerase−Kettenreaktion ist eine Methode zur Vervielfältigung spezifischer DNA-Sequenzen.
Der DNA-Chip enthält Sonden für verschiedene mögliche Mutationen des zu untersuchenden Allels. Wenn sich in der Probe DNA-Abschnitte befinden, die komplementär zur Basensequenz einer Sonde sind, binden sie sich an diese und bilden einen Doppelstrang. Dieser Vorgang wird als Hybridisierung bezeichnet.
Example: Bei der Untersuchung auf eine bestimmte Genmutation könnte ein Feld auf dem Chip die normale Sequenz enthalten, während ein anderes Feld die mutierte Sequenz aufweist. Je nachdem, welches Feld nach der Hybridisierung fluoresziert, kann man auf das Vorhandensein oder Fehlen der Mutation schließen.
Nach der Hybridisierung werden nicht gebundene DNA-Abschnitte abgewaschen. Anschließend wird der Chip mit einem Fluoreszenz-Scanner abgetastet. Das resultierende Fluoreszenz-Punktmuster wird von einem Computer ausgewertet. Da bekannt ist, welche Basensequenz die Sonden in jedem Feld des Chips besitzen, kann die spezifische Mutation identifiziert werden.
Für die Analyse der differenziellen Genaktivität wird die gesamte mRNA aus den zu untersuchenden Zellen extrahiert und mithilfe spezieller Enzyme in komplementäre DNA cDNA umgeschrieben. Diese cDNA bindet dann an die DNA-Sonden auf dem Chip, die aus Vergleichszellen gewonnen wurden.
Highlight: Die DNA-Chip-Technologie ermöglicht sowohl qualitative als auch quantitative Aussagen über die Genaktivität in verschiedenen Zelltypen oder unter verschiedenen Bedingungen.
Diese Methode erlaubt es Forschern, umfassende Einblicke in die Genexpression zu gewinnen und Unterschiede zwischen verschiedenen Zelltypen oder Krankheitszuständen zu identifizieren. Die DNA-Chip-Technologie hat somit das Potenzial, unser Verständnis von genetischen Prozessen und Krankheiten grundlegend zu erweitern und neue Wege in der personalisierten Medizin zu eröffnen.
